Badan Pendiri Universitas Muhammadiyah Kendari (UM Kendari) dibentuk berdasarkan Surat Keputusan Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Sulawesi Tenggara Nomor 265/SK-PW/I.A/1.b/2000 pertanggal 24 Dzulqaidah 1418 H/01 Maret 2000 M tentang Pengesahan Badan Pemrakarsa Pendiri Universitas Muhammadiyah Kendari (UMK) yang susunan personilnya sebagai berikut:

Penasehat:

1. Drs. H. Abdul Muin Gazaly
2. H. Akhmad Aljufri
3. Drs. M. Syuaib Mallombasi

Ketua: Drs H. Abdullah Alhadza, MA.

Wakil Ketua: dr. H. Marzuki Hanafi Bantayan

Sekretaris: Kamiluddin Kandacong, SE

Wakil Sekretaris: Drs. M. Istichsan

Anggota: H. La Ode Tua Makmum, SmHk.

Secara definitif Izin Operasional Universitas Muhammadiyah Kendari berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 149/D/O/2001 Tanggal 30 Agustus 2001, tentang Pemberian Izin Penyelenggaraan Program-Program Studi dan Pendirian Universitas Muhammadiyah Kendari yang diselenggarakan oleh Majelis Pendidikan Tinggi Muhammadiyah/Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Sulawesi Tenggara di Sulawesi Tenggara. Program Studi yang disetujui terdiri dari 11 Program Studi (7 Fakultas) antara lain:

1. Program Studi Teknik Lingkungan (S1)
2. Program Studi Teknik Arsitektur (S1)
3. Program Studi Sosial Ekonomi Pertanian (S1)
4. Program Studi Teknologi Hasil Pertanian (S1)
5. Program Studi Tekhnologi Hasil Perikana (S1)
6. Program Studi Pemanfaatan Sumberdaya Perairan (S1)
7. Program Studi Ilmu Politik (S1)
8. Program Studi Ilmu Pemerintahan (S1)
9. Program Studi Ilmu Hukum (S1)
10. Program Studi Manajemen (S1)
11. Program Studi Administrasi Pendidikan (S1)

Dalam perjalanannya selama dua tahun terdapat 2 Program Studi yang tidak memiliki peminat yaitu Program Studi Teknologi Hasil Pertanian (S1) dan Program Studi Ilmu Politik (S1), sehingga berdasarkan Peraturan Pendidikan Tinggi maka program studi tersebut harus di tutup. Pada tahun 2004 UMK menambah 3 Program Studi baru yang disetujui oleh Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Depdiknas yaitu: Program Studi Diploma Dua PGTK (D2), Pendidikan Agama Islam (S1), dan Program Studi Diploma Dua PGSDI/MI (D2) Pada tahun 2007 UMK berhasil membuka 3 Program Studi baru yaitu:

1. Pendidikan Bahasa Inggris (S1)
2. Pendidikan Guru Anak Usia Dini (S1)
3. Pendidikan Luar Sekolah (S1)

Sampai saat ini (2018) Universitas Muhammadiyah Kendari telah memilki 14 Program Studi yang terdiri dari Delapan Fakultas diantaranya:

Fakultas Teknik:

1. Program Studi Teknik Lingkungan (S1)
2. Program Studi Teknik Arsitektur (S1)

Fakultas Pertanian:

1. Program Studi Agribisnis/Sosial Ekonomi Pertanian (S1)

Fakultas Perikanan:

1. Program Studi Teknologi Hasil Perikanan (S1)
2. Program Studi Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan (S1)

Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik:

1. Program Studi Ilmu Pemerintahan (S1)

Fakultas Hukum:

1. Program Studi Ilmu Hukum (S1)

Fakultas Ekonomi:

1. Program Studi Manajemen (S1)

Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan

1. Program Studi Administrasi Pendidikan
2. Program Studi Pendidikan Bahasa Inggris
3. Program Studi Pendidikan Guru Pendidik Anak Usia Dinin
4. Program Studi Pendidikan Luar Sekolah
5. Program Studi Pendidikan Teknologi Informasi

Fakultas Agama Islam

1. Program Studi Pendidikan Agama Islam